San Giovanni Rotondo protetta dalla vetta più alta del Gargano, il Monte Calvo (mt. 1056) fu fondata nel 1006 dagli antichi abitanti di Castelpirgiano (Pirgiano: Purgos=torre, e Janos=Giano), di religione pagana. La fondarono intorno ad un tempio di Giano, detto la Rotonda per la sua forma circolare. In segiuto si convertirono al Cristianesimo e il tempio venne abbattuto, su di esso venne eretta una chiesa dedicata a San Giovanni Battista.
Degli scavi hanno riportato alla luce tombe del IV secolo d. C. e le rovine di un preesistente villaggio. Di questo villaggio ci restano alcuni segni visibili, alcune tombe ed un battistero circolare in età antica destinata al culto di Giano, e poi consacrato a San Giovanni (di qui il nome: San Giovanni Rotondo).
Con Federico II San Giovanni si dotò di fortificazioni e di un castello, di cui però oggi non c’è alcuna traccia. Si ricorda ancora la Purtedda (piccola porta) e la Porta Granne (porta grande) demolita alla fine del secolo scorso, detta pure Porta de lu Laie (porta del lago). Ma neanche le difese erette riuscirono ad evitare le dominazioni e i saccheggi ad opera di Angioini e Aragonesi. Nel 1095 la città fu donata dal conte normanno Enrico alla Badia benedettina di San Giovanni in Lamis, da cui il nome, al quale si aggiunse la specifica Rotondo.
La città, per la presenza di Padre Pio da Pietrelcina che vi si stabilì nel 1916 per trovare giovamento alla sua salute cagionevole, é un luogo di grande spiritualità per i1 mondo intero. Nel 1918 il frate ricevette le stimmate alle mani, al costato, ed ai piedi. Qui vi rimase fino alla morte, avvenuta nel 1968.
Nel 1983, alla luce dei suoi insegnamenti di carità ed amore cristiano, ha avuto inizio il Processo di Beatificazione e nel 2001 c’é stata la santificazione.
Il convento dove Padre Pio ricevette il dono delle stimmate oggi viene visitato da milioni di fedeli tutto l’anno. Nel 1998 - secondo dati delle forze dell’ordine - sono stati 7,5 i milioni di pellegrini che hanno reso omaggio al “frate della montagna”, pregando sulla sua tomba, un sarcofago in marmo e granito collocato sotto l’annessa chiesa di Santa Maria delle Grazie.

CONVENTO DEI FRATI MINORI CAPPUCCINI. Il giorno prima della sua morte il frate benedisse la Cripta del Convento. Li sono custodite le sue spoglie.
Nel Convento, edificato nel XVI secolo e ricostruito più volte, si trova anche l’umile cella dove Padre Pio era solito pregare. I pellegrini possono ancora vedere intatti i sandali, le lenzuola, il crocifisso, i guanti che gli coprivano le stimmate e l’inseparabile Vangelo.
LA CHIESA ANTICA. Situata accanto al Convento, è una sosta fondamentale nel percorso dei fedeli. Lì c’è infatti il Crocifisso ligneo davanti al quale il 20 settembre 1918 Padre Pio ricevette le sacre stimmate mentre era in preghiera. La sua costruzione ebbe inizio nel 1540, mentre nel 1581 avvenne la sua consacrazione. Il prospetto frontale, sebbene molto severo e regolare, è noto in tutto il mondo perché universalmente riconosciuto come la Chiesa di Padre Pio.
CHIESA MAGGIORE DI SANTA MARIA DELLE GRAZIE . Situata alla destra della Chiesa antica, la posa della prima pietra di Santa Maria delle Grazie avvenne il 2 luglio del 1956. L’interno custodisce pregevoli affreschi e vetrate istoriate. Consacrata ai sacri culti il 1 luglio del 1959.
CASA SOLLIEVO DELLA SOFFERENZA. Nel 1947 iniziò la costruzione dell’imponente struttura ospedaliera, fiore all’occhiello della Sanità privata in provincia di Foggia. Fu Padre Pio in persona il 5 maggio del 1956 a celebrare sulla scalinata del Pronao la Santa Messa che inaugurava l’ospedale “Casa Sollievo della Sofferenza”. Ospedale che, grazie anche all’impegno dell’omonima fondazione, ha raggiunto nel corso degli anni uno standard superiore alla media, sia per ciò che concerne la qualità dei servizi sanitari che per le avanzate tecniche e tecnologie utilizzate.
VIA CRUCIS MONUMENTALE. Si snoda lungo un viale ove sono state allestite permanentemente 14 stazioni bronzee realizzate dal noto scultore Francesco Messina. Nel quinto pannello è raffigurato, quale cireneo, proprio Padre Pio che aiuta Cristo a risollevare la croce. Il Viale della Madonna, composto da 152 gradini sui quali sono montate opere dello stesso Messina, è chiuso da un’esedra con un bronzo raffigurante Padre Pio durante le sue benedizioni.
MONUMENTO A PADRE PIO. Opera dello scultore Pericle Fazzini, realizzata nel 1987, rappresenta i momenti più significativi della vita del frate, evidenziati in quattro scene bronzee che culminano nella figura di Padre Pio che innalza al cielo l’Ostensorio.
NUOVA CHIESA DI PADRE PIO. La sua curiosa “fonna di conchiglia” prevede un grande altare per le funzioni e una gradinata circostante che è in grado di accogliere 30 mila fedeli. Ideata e progettata dall’architetto Renzo Piano, per la nuova chiesa di Padre Pio ha lavorato un’apposita fondazione che provvede a raccogliere e gestire le offerte dei devoti.
Spettacolari arcate di pietra sono decorate con preziose opere d’arte che raffigurano un’apocalisse, un’ultima cena ed una crocifissione. Particolarità della nuova chiesa sono le grandi arcate di pietra che sostengono la volta ed una parete di vetro che sostituisce la tradizionale facciata. Il sagrato è in leggera pendenza. La superficie interna della chiesa è di 6000 metri quadrati, mentre il sagrato è di oltre 9000 metri quadrati. Otto le campane presenti nella nuova struttura, di cui la più grande ha il diametro di 1,40 metri.
LA BORSA DEI CEREALI. E’ interessante sapere che proprio a San Giovanni Rotondo si “proclamava” il prezzo dei cereali che aveva valore legale per tutto il Regno di Napoli. Questo accadeva il l8 giugno di ogni anno nella chiesa di Sant’Onofrio. Per l’occasione si riunivano i principali sindaci del Regno e, contemporaneamente, si teneva una grande fiera.
MUSEO DI ARTI E TRADIZIONI POPOLARI. Dedicato a M. Capuano, conserva gli antichi attrezzi della civiltà contadina di San Giovanni Rotondo.